宇宙移民與宇宙戰爭的歷史—宇宙世紀（UC）終結後，時光飛逝，人們迎來新的歷史Regild Century（RC），並開始了繁榮與和平的生活。
R.C.1014年，聳立大地、連接地球和宇宙的軌道天梯「首都塔」，從宇宙中為人類帶來作為地球能量之源的光子電池（Photon Battery），故被視為聖地。其守護組織「首都衛隊」候補生貝爾利・傑納姆在初次飛行的時候遭到所屬不明的MS「G-Self」攻擊。貝爾利使用作業用MS「雷克汀」與其交戰並成功捕獲。然而「G-Self」的駕駛者，名為艾妲·雷哈頓的宇宙海賊少女卻對貝爾利產生了某種感覺，不滿足特定條件便不會啟動的「G-Self」亦對貝爾利產生了某種反應。宇宙海賊和艾妲的目的、被「G-Self」選中的貝爾利的命運、令RC全體動搖的真相――這一切只不過是Reconguista的開始。