第一次新自護戰爭（哈曼加戰爭）結束後，0089下半年間，聯邦對殖民衛星加強了經濟等方面的制裁，但此措施的實行，亦只是令宇宙住民對立情緒上漲而已，各路反聯邦勢力紛紛崛起。
0090年02月，聯邦為收容難民建起宇宙居住區「SWEETWALLTER」。但此時在無人知曉的情況下，一度銷聲匿跡，于哈馬加死後掌握新自護指揮權的馬沙‧亞茲納布爾已秘密潛入，藏身其中。
03月，聯邦軍為維持軍事上的威懾力，建立外圍獨立精銳部隊郎德‧貝爾，由布拉度·諾亞大校提任司令官，隊中更有以著名的王牌機師阿寶·尼爾‧利大尉為首的眾多優秀戰士作為成員。
0092年12月，由馬沙‧亞茲納布爾在接受電視採訪時發表向聯邦的宣戰佈告。第二次新自護戰爭（亦稱阿克西斯戰爭或馬沙之亂）爆發。
然而，正當阿寶·尼爾等人與新自護軍殊死戰鬥時，一些聯邦上層人物卻盲目相信和平的可能性，加上收受賄賂，而準備前往SIDE6，與新自護方面進行秘密接觸。
宇宙世紀0093年，成為新自護總帥的馬沙.阿茲納布對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆尼與其所屬的隆巴納隊艦隊一起與馬沙所領導的新自護軍展開最後的決戰...
作品解說
本作品是機動戰士GUNDAM所開展的宇宙世紀故事的延續，記述了0093年第二次新自護抗爭的結束。在作品當中大量的使用「殖民地投下」，「地球圈」，「新
人類」等等自從初代 GUNDAM 以來一直延續的世界觀，並且以初代兩大主角 Amuro 與 Char 的最終決戰，來為宇宙世紀的GUNDAM故事劃下句點。
（之後的宇宙世紀作品，如機動戰士GUNDAM F91以及機動戰士V GUNDAM雖繼續沿用宇宙世紀年號，但劇情已經與初代/Z/ZZ/逆襲等四部作完全無關。一部份舊作愛好者將本作視為宇宙世紀GUNDAM正史的終結...）
隨著劇中時代的進步，機動戰士的設計也隨之進化，從Z GUNDAM的可變形機構，ZZ GUNDAM的分離合體機能，到了「 逆襲 」的時代則回歸純粹人形機動兵器的原點，登場的 MS 都以單體的機構為設計主流。在「馬沙之反擊」當中主要的新科技，是將精神感應介面(Phychomu)的迴路封入金屬粒子內並且形成機體框架的精神感應框體(Phycho Frame)又可以說成精神骨架，以及繼自護系MS之後也裝配了浮游砲(Funnel)的RX-93 NU- GUNDAM。
人物設定與作畫監督本來是希望由安彥良和擔任，但被拒絕。故延續ZZ的安排而起用北爪宏幸。機械設定的部分，主角機NU-GUNDAM的設計是以多人設計比稿的方式決定。由插畫家鈴木雅久等人提出多張草稿，最終交由出?裕負責統合。新自護系MS由出?裕設計，唯一的例外是聯邦量產機傑剛由佐山善則製作完稿。其他機械與戰艦的設計則交由GAINAX負責。最終完成的品質即使以現代的標準來看也具有相當高的完成度。
歷經泰坦斯和新自護兩大動亂後，地球聯邦雖然能取得最後的勝利，但所付出的代價無可估量。為了在休養生息期間避免了新的敵對勢力的出現，地球聯邦軍在各地駐紮和組建了許多戰鬥部隊以維持威懾力，其中最為著名的便是由布萊德·諾亞上校任司令官，王牌機師阿寶·尼爾·雷上尉為MS隊指揮官的外圍獨立精銳部隊——朗德·貝爾(RoundBell)。
各殖民地表面上雖然服從於聯邦政府，但暗地裡隱瞞了關於反聯邦勢力的情況，令本以搜尋新自護殘黨為目的而組建的朗德·貝爾一直徒勞無功。終於，由馬沙率領的新自護正式對地球聯邦宣戰。
聯邦軍為應付即將到來的戰事需要，加強了朗德·貝爾的戰鬥配置，但另一方面卻將其戰鬥力量限制在一定範圍之內，以防其發生叛亂。雖然得到一批精良的軍備補充，但出於應付日後戰事的升級，朗德·貝爾提出將動亂後封存的以高達為主的各種高性能MS解封使用的要求，但聯邦高層卻因為上述理由加以否決，只是配置由Z計劃發展出來的RGZ-91利卡茲給予朗德·貝爾作為阿寶·尼爾的指揮官用機使用。
雖然利卡茲繼承了Z高達的多種優點以及改善了不少技術問題，但對比起同時代機體卻存在很多不足之處，尤其是與新自護幾台試作型機的交鋒後，利卡茲根本無法令阿寶·尼爾的能力發揮出來，從而造成了雙方戰鬥力的差距。於是阿寶·尼爾惟有委託月面企業阿納海姆製造自行設計的新一代專用MS——RX-93ν高達。
一直以來，高達在聯邦軍內都是作為一種王牌的象徵。但對於阿寶·尼爾來說，更多的是一種歸屬感，因為當年就是他駕駛著第一台高達第一次參與戰鬥而成名的，所以為自己量身訂造的新型機自然便是高達，而且在機體外型上也充滿著初代高達的影子。而從另外一個角度來看，阿寶·尼爾也是面對來自馬沙的挑戰而希望擁有能與其對抗的機體。
在機體結構上，阿寶·尼爾參考了以前各高達的設計。由於從Z高達的可變式到由初代高達發展出來的ZZ高達的核心戰鬥機分離式結構都存在著不同程度的問題，所以阿寶·尼爾決定放棄自己一貫熟悉的分離結構而重新使用一體化結構，並且出於對形勢的預測，也果斷地放棄了部分泛用的特性，以便針對宇宙戰更加發揮機體性能。基本上就是在類人型金屬骨架外表鋪設高達尼姆合金裝甲，各調節噴嘴的設置與之前的高達系列是類似的，而且推進器仍然是傳統的背包式。但在塗裝上卻一反傳統使用了黑色為身體顏色，四肢則仍是白色。
武器配置上則體現出阿寶·尼爾本身的作戰風格，除了火神炮和光束軍刀這些必備配置外，主力武器則選用了阿納海姆引以為傲的連射式光束步槍。連射式光束槍雖然單發威力較小，但其射擊密度卻是一般光束槍所不能比擬的，被其鎖定的目標更加難以逃脫。另外在背包的凹槽中可攜帶阿寶·尼爾慣用的大型火箭炮，而由於背包左部設計為武器掛鉤，所以光束軍刀只剩下一把。在左手護盾上安置武器其實也是隨大流而來，為了彌補連射光束步槍威力的不足，特意在護盾內安裝了功率較大的小型光束炮。自然地，小型飛彈也少不了，而且也把另外一把光束劍放置在左臂內，這樣使用起來也非常方便。
這樣一來應付一般敵人是綽綽有餘了，但阿寶·尼爾自然會明白馬沙的有備而來。於是，為了能充分發揮自己的能力，阿寶·尼爾很自然地聯想到吉恩方面的NT專用武器——浮游炮。浮游炮的強大，阿寶·尼爾自己親身感受過，而在現時來說，能克制浮游炮的武器也只有浮游炮本身。於是阿寶·尼爾便提出在ν高達身上安裝浮游炮的設計。起初阿寶·尼爾打算用在第一次新自護動亂中蒐集到浮游炮殘餘部件，加上自己在泰坦斯強化人計劃中所作的感應系統測試的資料作藍本製造浮游炮，但始終欠缺最核心的技術。而正在此時，月神五號墜落作戰展開，阿寶·尼爾駕駛利卡茲與馬沙正式交鋒後，擁有浮游炮的希望更加迫切。之前阿納海姆方面也提供了生化感應電腦（BIO-SYSTEM）作為替代品，但經過阿寶·尼爾本人親自調試，發現效果仍不理想。此時阿納海姆方面卻又突然提供了一項全新的技術——精神感應框架（psycoframe，即塞可繆框架）。安裝在ν高達身上之後，阿寶·尼爾發現可以完全對浮游炮作出控制，但仍有不足之處。為了加強浮游炮本身的控制性能以及延長使用時間，於是阿寶·尼爾修改了浮游炮的設計，增大了體積，並改為長板型折疊式，使用的時候兩邊折疊起來利用磁場壓力產生光束攻擊。因為全套浮游炮共六件並聯放置在機體背包左部的武器架上，就像多了一隻翼，所以阿寶·尼爾也將其定名為浮游飛翅炮（fin funnel）。而ν高達也正式成為第一台擁有浮游炮武器的高達。
不過為何一直宣稱沒有塞可繆感應技術的阿納海姆突然會提供這種操控新型技術是阿寶·尼爾心中一大疑問。其實正是由於新自護的機體都是在阿納海姆秘密製造，所以馬沙也得到了ν高達的設計圖。但在相比之下，ν高達與新自護幾台高性能機的差距明顯表現出來。機動力有餘卻火力不足，但運動性卻因為使用傳統高達結構所以無法得到質的提升，與馬沙預期的情況大相徑庭。這其實也與阿寶·尼爾被長期封閉在地球有關。在被聯邦軍軟禁的期間，阿寶·尼爾只是粗略地接觸過幾台新型的高達機種，其餘的也只是依靠資料取得，所以只能了解幾種機體因自身結構而產生的缺點而沒能清楚其運動性和火力的優勢。馬沙卻居然將精神感應框架通過阿納海姆秘密透露給阿寶·尼爾，令其能使用浮游炮等武器。
但精神感應框架是在已安裝生化感應裝置的基礎上加載的，負責監督ν高達製造的工程技師奧克托巴也警告阿寶·尼爾這個系統“可能會引發未知的強大力量”。由於事態緊急之下，阿寶·尼爾並未對整個系統作出調試便緊急出戰，間接導致凱拉·甦的戰死。經阿寶·尼爾細心調整後，在實戰中發現精神感應框架因機師腦電波的反應產生異常，浮游飛翅炮竟能放出粒子造成一道光束擾亂膜抵禦光束攻擊。不過稍後在與馬沙的沙扎比對戰時，ν高達的先天不足便表露無疑，無論在火力硬碰還是接近作戰，ν高達絲毫佔不了便宜，反而處處被動。
畢竟命運之神再次眷顧了阿寶·尼爾，在雙方彈藥耗盡的情況下ν高達以匪夷所思的拳打腳踢擊敗沙扎比，並且捕獲脫離中的馬沙的駕駛艙。最後阿寶·尼爾以殘破的ν高達獨力阻止阿克西斯的墜落，過程中精神感應框架與二人的腦電波產生共鳴，產生出強大的力量引領亞克西斯離開地球的重力範圍。而ν高達也伴隨著這種力量與阿寶·尼爾和馬沙一起消失在茫茫的宇宙中。
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